فضای داخلی و ساختمان پژوهشکده بصورت عمودی و به نحوی طراحی و ساخته شده تا هر گروه سنی طبقه ای مجزا و مخصوص به خود را داشته باشد. کلاس ها داری شلف ها و قفسه های مخصوص به هر کودک و استاندارد با قد کودکان می باشد. هر کودک یک قفسه و شلف مخصوص به خود را برای قرار دادن و برداشتن وسایل خود دارد. وسایل هر روز با فوگر حرارتی و مواد ضدعفونی مخصوص که برای کودکان کاملا بی ضرر می باشد ضدعفونی می شوند.
یک روز در هفته نیز کودکان در مبحث مهارت های زندگی، شلف و وسایل خود را با پارچه های نخی مخصوص و موادی که کاملا غیر حساسیت و بی ضرر است پاک و گردگیری کرده و تمیز می کنند، تا این مهارت را به خوبی یاد بگیرند و حس مسئولیت پذیری و مراقبت از وسایل خود ، در آن ها تقویت گردد.هر کلاس دارای توالت مجهز و مخصوص به خود می باشند و این توالت ها و دستشویی ها کاملا استاندارد با قد و وزن کودکان هستند.در هر طبقه به غیر از توالت های فرنگی داخل کلاس ها، یک توالت ایرانی هم وجود دارد. کلاس ها دارای دریچه و پنجره های مخصوص و نورگیرهای عالی هستند.
همه طبقات و بعضی کلاس ها نیز یک بالکن مجزا و بزرگ دارند و درون بالکن های هر طبقه باغچه های زیبایی جهت گلکاری و سبزی کاری و باغبانی کودکان تعبیه و در نظر گرفته شده است. پژوهشکده اختر دو درب مجزا در ورودی ساختمان و روی حیاط دارد که به درب چوبی و درب حیاط معروفند.